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José Francisco Correia da Serra nasceu em Serpa, em 1751, embora seja comummente indicada como data de nascimento ao dia 5 de Junho de 1750, e faleceu a 11 de Setembro de 1823, nas Caldas da Rainha.
Era filho do Dr. Luís Dias Correia, médico, e de D. Francisca Paula Luísa de Leon. Neto materno de Manuel Rodrigues Serra Porto, sobrinho do padre Jerónimo Madeira de Léon, jesuíta, e irmão de Manuel José Correia da Serra, nascido em Serpa em 1755, graduado em Direito Canónico pela Universidade de Coimbra; de Joaquim Correia da Serra, nascido em Serpa, em 1753, arquitecto e engenheiro militar; de Ana José e de Maria, nascidas em Itália, em 1764 e 1765, respectivamente.
Foi pai de Eduardo José, nascido em 1803, em Paris, de mãe francesa - Esther Delavigne. Viveu com o pai durante vários anos, nos Estados Unidos, no período da adolescência, sendo legitimado em 1823, em Portugal. Foi, posteriormente, médico, em Paris.
A família de Correia da Serra fixou-se em Roma e Nápoles, entre 1757 e 1771, data em que Luís Dias Correia regressou a Portugal, deixando a família e Roma. Assim, Correia da Serra estudou na Itália, interessando-se pela história natural, em especial botânica (correspondeu-se com Lineu e com outros especialistas neste domínio, como António Turra), bem como pelo estudo de línguas como o francês, o inglês, o alemão, o italiano, o latim, o grego, o árabe. É possível que tenha, durante algum tempo, estudado medicina. Foi confirmada a sua ordenação em 1776 e graduou-se em direito canónico.
Viajou pela Itália na companhia do duque de Lafões, D. João de Bragança, que estudara em Coimbra e fora colega e amigo de Luís Dias Correia.
Regressou com a família a Portugal em 1777, acabando por fixar residência no Palácio do Grilo, palácio do duque de Lafões, na altura em que este regressou a Portugal, em 1779.
Deixou memória escrita de muitas das suas viagens, como as que realizou à costa da Ligúria (1774), Itália (1776), e das de estudo ao sul do Tejo (1780), às Berlengas (1781), à Estremadura, Alentejo e Algarve (1785).
Projectou, em conjunto com o duque de Lafões, e o apoio de Domenico Vandelli e do conde de Barbacena, a Academia Real das Ciências de Lisboa, criada por Aviso régio de 24 de Dezembro de 1779, tornando-se seu secretário perpétuo em 1788 e tendo escrito a História da Academia desde a sua fundação até 1788. Preparou ainda a publicação dos primeiros três volumes da Colecção de Livros Inéditos da História Portuguesa, bem como o ensaio que precede o primeiro volume das Memórias Económicas.
Os acontecimentos políticos internacionais, nomeadamente a Revolução Francesa, fizeram centrar a atenção do Intendente-geral da Polícia, Pina Manique, bem como a da Inquisição, nas actividades da Academia Real das Ciências. Há ainda referências à fundação de uma loja maçónica em Portugal em 1794, da qual Correia da Serra e o duque de Lafões terão, eventualmente, feito parte. A presença do naturalista francês Broussonet em Portugal, instalado em aposentos da Academia das Ciências, após a sua saída de França, terá estado na origem da fuga do naturalista francês mas também da de Correia da Serra, em Março de 1795, com destino a Inglaterra, tendo deixado bens e documentação no palácio do Grilo.
Foi então eleito para a Royal Society e para a Sociedade Linneana. Continuou as suas investigações botânicas, privando com pessoas como Joseph Banks, James Smith. Produziu, durante esse período, várias comunicações científicas.
Tornou-se conselheiro e agente de compras da delegação portuguesa em Londres, acabando, no entanto, por se demitir em 1802. Foi então para Paris, onde permaneceu dez anos, publicando vários trabalhos científicos em jornais e revistas e alargando o seu círculo de amigos a personalidades como Lafayette, von Humbold e Samuel du Pont de Nemours
Em 1812 partiu com destino aos Estados Unidos, onde continuou a desenvolver a sua actividade científica, a dar conferências públicas sobre botânica, a escrever e a viajar. A partir de 1813 começou a dar-se com Thomas Jefferson, de quem se tornou visita habitual.
Em 1816 foi nomeado primeiro ministro plenipotenciário do Reino Unido de Portugal e do Brasil nos Estados Unidos. Em 1819 foi nomeado conselheiro da Fazenda. Deixou a América, com destino a Londres, no final do ano de 1820 e, posteriormente, em 1821, voltou a Lisboa, e ao cargo de secretário da Academia. Em 1822 a cidade de Beja elegeu-o deputado às Cortes.