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A história se passa na Roma dos princípios do século IV, durante as perseguições aos cristãos promovidas no império de Deocleciano.
A heroína do livro é Fabíola, uma bela jovem de família romana nobre. Ela é mimada por seu pai, Fábio, que não lhe nega nada. Fabíola parece ter de tudo, inclusive uma educação primorosa em filosofia mas, apesar das aparências, ela não está feliz. Um dia, num acesso de raiva, ataca e fere a filha de uma escravo sua, Syra, que secretamente era uma cristã. A fútil menina romana é, entretanto, humilhada com a humildade de Syra, que reage a esta situação com resignação e maturidade. Uma lenta transformação tem início na jovem voluntariosa, que culmina finalmente na sua própria conversão ao cristianismo, levada por Syra e por sua própria prima, Inês, que é sua grande amiga.
Um outro plano da história trata do jovem Pancrácio, um piedoso cristão e filho de um mártir. O adversário de Pancrácio é Corvino, um colega de escola que irrita-se com a santidade do rapaz. Ele faz tudo para destrui-lo e às comunidades cristãs que se reúnem ocultamente nas catacumbas. Isso inclui anteriormente haver orquestrado o linchamento do professor de ambos, Cassiano, também um cristão. Neste episódio Pancrácio teve ocasião de mostrar ao rival o exemplo de perdão cristão, poupando-lhe a vida, logo após a morte de Cassiano.
O maior vilão da história é o enigmático Fúlvio, um jovem rico do leste, que logo revela-se perseguidor dos cristãos, capturando-os para as autoridades em troca da recompensa. Seus objetivos são conquistar a mão de Fabíola ou de Inês, ao tempo em que visa extirpar os cristãos de Roma.
Após eventos dramáticos que revelam surpreendentes ligações entre ele e Syra, que na verdade era sua irmã mais nova, há tempos desaparecida, cujo nome verdadeiro era Myriam, Fúlvio então abandona sua vida de crimes, convertendo-se ao cristianismo e se tornando um ermitão.