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As Pupilas do Senhor Reitor, publicado em 1866 sob o formato de folhetins no Jornal do Porto, e compilado em romance em 1867, tem como pano de fundo a vida rural tão característica da obra de Júlio Dinis.
O título alude a Margarida e Clara, as duas personagens femininas centrais da obra, meias-irmãs órfas, com personalidades muito diferentes, adoptadas pelo Reitor.
A intriga centra-se em Daniel e Pedro, filhos de José das Dornas. Em jovem Daniel renuncia à carreira esclesiástica por amor a Margarida. Mais tarde, depois de ultrapassar esse amor de infância, Daniel regressa à aldeia, já formado em medicina. Aí interessa-se por Clara, que está noiva de Pedro.
Mas Margarida ainda não esqueceu o Daniel...
Todos estes desencontros vão desencadear choques e situações imprevistas nas vidas destas duas irmãs.